Синдзи случайно сталкивается с парнем по имени Каору Нагиса и узнаёт, что он — новый пилот. Синдзи приводит его в NERV, и в то же время на штаб-квартиру нападает очередной Ангел. Аска, желая взять реванш за прошлые поражения, рвётся в бой, но оказывается не в силах противостоять психической атаке Ангела, разбередившего её глубокие душевные раны. На следующей операции её сменяет Каору. Вместе с Рэй их отправляют на перехват Ангела, но тот выводит из строя Еву-02 и овладевает Евой-00. Защищая бросившегося ей на помощь Синдзи, Рэй взрывает Еву-00 вместе с собой…Издание включает в себя оригинальные тома 9 и 10.

После того, что случилось с Тодзи, Синдзи отказывается пилотировать Евангелион и пытается уехать из Нео-Токио-3. Но нападает очередной Ангел, и подоспевший Кадзи уводит парня в убежище. Он рассказывает ему о том, какую страшную цену заплатил мужчина, чтобы выжить после Второго удара, и о смертельной угрозе, что несут человечеству Ангелы. Потрясённый услышанным, Синдзи успевает вернуться в NERV, и Ева-01 перехватывает Ангела, уже проникшего в Геофронт. Бой требует запредельных усилий, и Синдзи оказывается не в состоянии покинуть входную капсулу. После завершения операции по его спасению SEELE похищает вице-командующего Фуюцуки, чтобы выпытать у него замыслы Гэндо…Издание включает в себя оригинальные тома 7 и 8.

Отношения Синдзи с окружающими постепенно налаживаются — но только не с его отцом. Однако в годовщину смерти матери Синдзи встречается с ним у её могилы, и им удаётся поговорить, хотя разговор оказывается не из лёгких… Пока командующий находится в антарктической экспедиции, Евы впервые противостоят Ангелу втроём, а Кадзи раскрывает Синдзи некоторые из секретов NERV. Между тем из Америки в Японию переправляют Еву-03, и подходящим кандидатом в пилоты становится Тодзи Судзухара. Синдзи убеждает друга, что бояться нечего, но активационные испытания идут совсем не так, как запланировано…Издание включает в себя оригинальные тома 5 и 6.