На авиабазе города Ирума военные пытаются обезвредить Сато. В это время премьер-министр скрывается в секретном бункере, а Кэй стремится любыми способами пробраться на авиабазу. Совместными усилиями команда Нагаи получает новых союзников, но количество подельников Сато тоже растет. Смогут ли военные и команда Нагаи помешать плану Сато по полному захвату авиабазы?..

Сато устраивает налет на медицинский центр, где проводят опыты над нелюдями. Он надеется, что Кэй после перенесенных мучений возненавидит людей и встанет на его сторону, но Кэй не проявляет агрессии, а, наоборот, пытается защитить врачей, которые его пытали. Чтобы помочь им, он даже вступает в бой с Сато. Но Сато — чрезвычайно опытный боец, а Кэй только учится контролировать своего черного призрака, и кажется, что у него совсем нет шансов в этой схватке…

Не долетев до следующей цели, Сато возвращается на авиабазу. План Нагаи почти провален, однако на помощь внезапно приходит Кайто, что оборачивается настоящим бедствием. Теперь Кэю придется сделать нелегкий выбор: наконец сдаться и прекратить бесконечную войну с Сато, либо продолжить изнуряющую борьбу посреди воцарившегося хаоса.

Пока команда Нагаи разбирается с подельниками Сато, Тосаки раскрывает общественности преступный заговор Комитета по делам нелюдей и крупных японских компаний. «Антинел» помогает команде Нагаи подготовиться к захвату врага, но чтобы план Кэя сработал, нужно реализовать его в короткие сроки — пока Сато не уничтожит очередную цель…

Заняв авиабазу, Сато объявляет начало третьей волны и угрожает захватить власть над страной. Кэй раскрывает его план и придумывает способ помешать ему, но сможет ли команда Нагаи остановить начавшееся уничтожение правительственных учреждений? В это же время, вопреки приказу начальства, полковник Кома вызывает «Антинел»…

Заявив о своем уходе, Сато собирается покинуть Японию. В это время команда Нагаи и «Антинел» пытаются справиться с последствиями Flood и защитить мирных жителей от взбесившихся IBM. В пылу погони за Сато сам Кэй падает с высоты, из-за чего теряет память. Удастся ли ему вернуть воспоминания и продолжить финальную гонку за неуловимым врагом?..