Конец XVI века. Средневековая Испания и Прага — столица алхимиков и магов. Император Рудольф II приобретает не поддающуюся расшифровке рукопись. Личный врач императора и молодой священник Амадо пытаются разгадать тайну странного манускрипта, в котором отсутствуют тридцать две страницы. Встречи Амадо с Джоном Ди, Джордано Бруно, испанским хронистом Бласом Валера и изучение трудов Диего де Ланда, уничтожившего все рукописи майя, приводят его к мысли о том, что все эти великие люди причастны к созданию рукописи. Осталось найти пропавшие страницы. В них — шифр, разгадка. Данная рукопись датируется XV веком и хранится в Йельском университете.